河流、湖泊等水体被污染后，对人体健康会造成严重的危害，这主要表现在以下三个方面。
一，饮用污染的水和食用污水中的生物，能使人中毒，甚至死亡。例如，1956年，日本熊本县的水俣湾地区出现了一些病因不明的患者。患者有麻痹、运动失调、语言和听力发生障碍等症状，因无法治而痛苦地死去，人们称这种怪病为水俣病。科学家们后来研究清楚了这种病是由当地含Hg的工业废水造成的。Hg转化成甲基汞后，富集在鱼、虾和贝类的体内，人们如果长期食用这些鱼、虾和贝类，甲基汞就会引起以脑细胞损伤为主的慢性甲基汞中毒。孕妇体内的甲基汞，甚至能使患儿发育不好、智能低下和四肢变形。
二，被人畜粪便和生活垃圾污染了的水体，能够引起肝炎、痢疾等传染病，以及血吸虫病等寄生虫病。
三，一些具有致癌作用的化学物质，如铬(Cr)、苯胺等污染水体后，可以在水体中的悬浮物、底泥和水生生物体内蓄积。长期饮用这样的污水，容易诱发癌症。
